Cartridge type:BATT、RAM size:00(None)のタイトル。
これらはVBAだと256byteのデータが出力されセーブファイルが正常に作成されない
本家VBAだと一部対応(256バイト以内でデータが収まるゲーム)
訂正:中身がFFで埋め尽くされたセーブはファイルに何も書き込まれていない時のVBAの仕様のようです
　つまりファイルにメモリの中身を反映しに行かないみたいです

回避方法はBGB等でプレイするかVBA-Mのフォーラムあたりに報告して修正を待つかゲームを一度も閉じずにぶっ通しでやりつづけるしか。
ちなみにこれら以外は問題ない…はず
使う場合はVBA-M推奨ですが(本家系だとセーブ以外に問題のあるタイトルが多いため)

※SVN913にてモノクロ分は修正されました

・以下リストモノクロ
アレサ
アレサ2
あやかしの城
おとぎ話大戦
ウイナーズホース
馬番倶楽部
うる星やつら -ミス友引を捜せ!-
ウルティマ 〜失われたルーン〜
ウルティマ 〜失われたルーン2〜
SDガンダム外伝 ラクロアンヒーローズ
SD戦国伝2 天下統一編
SD戦国伝3 地上最強編
X（エックス）
F1レース
カーブノア
鬼忍降魔録 ONI
ゲゲゲの鬼太郎 妖怪創造主現る!
コナミックゴルフ
ゴルフ
Jリーグ・ビックウェイブサッカー
時空戦記ムー
人生ゲーム
スーパー桃太郎電鉄
スーパーロボット大戦
聖剣伝説 -ファイナルファンタジー外伝-
セイントパラダイス 最強の戦士たち
戦国忍者くん
ソリテア
大戦略
茶々丸冒険記3 アビスの塔
チキチキマシーン猛レース
ディノブリーダー
的中ラッシュ
天地を喰らう
トーピドー・レンジ
ドラえもんカート
ドラえもんのゲームボーイで遊ぼうよデラックス10
ドラゴンボールZ 悟空飛翔伝
ドラゴンスレイヤー外伝 眠りの王冠
灘麻太郎・小島武夫の実戦麻雀教室
ネコジャラ物語
パチンコ CR大工の源さんGB
パチスロ必勝ガイドGB
東尾修監修 プロ野球スタジアム'91
東尾修監修 プロ野球スタジアム'92
ファーステスト・ラップ
ヘラクレスの栄光 -動き出した神々-
ベリウスII
ポケットキョロちゃん
マッハGoGoGo
魔法騎士レイアース2nd ミッシングカラーズ
魔界塔士Sa・Ga
Mr.GOの馬券的中術
モグモグGOMBO 遥かなる超料理伝説
桃太郎伝説外伝
モンスターメーカー
レジェンド -明日への翼-
リトルマスター ライクバーンの伝説

・以下リストカラー(全部を全部確認してない)
コマンドマスター
コロコロカービィ

ちなみにBGB、Gambatte、TGB Dualは8KBのファイルを出力してるので対応してるながらも結構無理やりの模様
Mednafenにいたっては100byte以下もちらほら。どーやってんでしょ